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En 1472 en un intento de encontrar una nueva ruta hacia las Indias, el navegante portugués Fernando Poo descubrió la isla de Bioko. Más tarde con los tratados de Ildefonso en 1777 y de El Pardo en 1778, los portugueses se la cedieron a los españoles a cambio de la colonia de Sacramento en el Río de la Plata y la isla de Santa Catalina, frente a las costas brasileñas.
Al igual que los portugueses, los españoles se enfrentaron en estas tierras a importantes dificultades para colonizarlas, como la oposición de la población autóctona, los bubis, el clima y las enfermedades tropicales de las que no estaban inmunizados. Esto llevó a los españoles a desinteresarse por sus colonias africanas y centrarse en otros objetivos.
En 1821, ante esta situación, los británicos decidieron asentarse en la isla de Bioko con la aprobación de España y en el norte establecieron una base para los barcos británicos que perseguían a los traficantes europeos de esclavos. Es así, como surge en 1827 Port Clarence.
Más tarde, cuando volvió a estar bajo el control español, la ciudad de Clarence fue bautizada de nuevo con el nombre de Santa Isabel, en honor a la reina Isabel II de España.
Tras la independencia de Guinea Ecuatorial en 1968 durante el llamado "reinado del terror" del dictador Francisco Macías recibe en 1973 su actual nombre en honor a Malabo Lopelo Melaka, último rey bubi que se resistió a la invasión española.
Malabo, por lo tanto, es una ciudad donde es evidente el reflejo de los rasgos coloniales en sus distintas edificaciones como pueden ser la catedral, el palacio de la presidencia, edificios en las calles Nigeria y Rey Bosco,...
